神戸港の発展に伴い、神戸には多くの人々がやってくるようになったが、それと同時に感染症の脅威にもさらされることとなった。

近現代の神戸において、猛威を振るった感染症のひとつとしてコレラが挙げられる。コレラ菌を病原体とする経口感染症の一種であるコレラは、明治10年（1877）に西南戦争から兵庫港に帰還した兵士の感染をきっかけに神戸市内でも発生が確認された。上下水道の整備がされていなかった当時の神戸では流行を防ぐ手立ては少なく、ひどい時期には患者が道路上で死亡するまでの惨状となった。同じ時期には、腸チフスや発疹チフス、痘そうも流行しており神戸市内にも水道布設の気運が高まることとなった。

明治32年（1899）には、神戸でペスト感染者が発見された。それまで、外国から来航する船の中に患者が多数確認されていたが、国内での感染確認は初めてで、神戸市民に恐怖をもたらすこととなった。

ペストのほかにもスペイン風邪（インフルエンザ）や赤痢など、港、都市の発展に伴い神戸では多くの感染症が流行している。これら感染症との闘いが、上下水道・病院などの都市基盤整備に繋がっていくのである。